L'Istituto Comprensivo di Bonate Sotto apre il proprio sito secondo le indicazioni ministeriali contenute nella normativa della legge n.4 del 2004 (Legge Stanca) che ha introdotto in Italia la normativa legata all'accessibilità.
L'Istituto Comprensivo è sorto nel Settembre 2000 dalla fusione delle Scuole Primarie di Bonate Sotto e Madone e delle Scuole Secondarie di Primo grado di Bonate Sotto e Madone; le Amministrazioni Comunali dei due Paesi si accordarono nello stabilire la sede a Bonate Sotto presso la scuola secondaria di primo grado.
L'Istituto Comprensivo di Bonate Sotto è costituito dai seguenti plessi: Scuole Primarie Statali di Bonate Sotto e di Madone Scuole Secondarie di Primo Grado Statali di Bonate Sotto e di Madone. All'interno della Scuola Primaria di Bonate Sotto è istituito il Plesso Potenziato.
Le scuole dell'Infanzia, ubicate nei comuni di Bonate Sotto e Madone, sono Enti Morali, quindi sono scuole private e non gestite dall'Istituto Comprensivo.